Das Chaos bei der Registrierung von Flüchtlingen hat auch zu möglichen Sicherheitsproblemen geführt. Der Landesrechnungshof kritisiert, dass notwendige Daten von Flüchtlingen nicht verfügbar sind. So haben die Behörden keinen genauen Überblick, ob beispielsweise Salafisten unter den Geflüchteten sind. Der Grund: Es gibt zwischen den IT-Systemen, die vom Lageso, dem Bundesamt für Migration und Flüchtlinge sowie der Ausländerbehörde genutzt werden, keine Schnittstellen. Dadurch „steigt das Risiko fehlerhafter und damit nicht verwertbarer Daten“, heißt es in dem Bericht des Rechnungshofs.

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